BRESCI - VIII Brazilian e-Science Workshop

  • Coordenadores Gerais: Daniel de Oliveira (UFF) e Antônio Tadeu A. Gomes (LNCC)  
  • Coordenadora Local: Alessandra Gomes (IFB)

 

Nas últimas décadas, tem havido uma revolução no modo como a ciência e a engenharia têm sido conduzidas, ao se utilizar de forma intensiva as tecnologias de informação e comunicação (TICs). Essa nova forma de realizar a ciência, denominada de e-Science ou e-Ciência, desempenha hoje um papel fundamental na metodologia de trabalho adotada por muitos grupos de pesquisa em todo o mundo. O VIII BreSci tem como objetivo colaborar com os esforços de e-Science propondo um fórum de discussão sobre temas relevantes dessa área de estudo. Além da trilha principal, que tem um escopo mais amplo e mais relacionado com as TICs, o workshop conta também com uma trilha de aplicações específica para discutir temas relacionados às áreas particulares de aplicação da e-Science, incluindo (mas não sendo restrito a) bioinformática, astronomia e química. A aproximação com pesquisadores dessas áreas da ciência visa a estreitar o relacionamento entre os participantes das diversas áreas. Ademais, essa aproximação propicia a identificação de demandas relativas à infraestrutura computacional sob o ponto de vista das áreas fim. De outro lado, essa colaboração também propicia às áreas fim uma melhor difusão das soluções elaboradas pela comunidade de computação.

 

 

PALESTRAS

 

Título: How can (bio)molecular simulations benefit from e-Science? Issues and perspectives

Palestrante: Prof. Roberto Dias Lins Neto (Departamento de Química Fundamental da Universidade Federal de Pernambuco)

Resumo: Computational chemistry tackles scientific questions in many areas, such as catalysis, energy, environmental remediation and biology. Although the scientific questions may differ in each area, common capabilities are required to address them. Modeling of bimolecular systems has been of particular interest in the last couple of decades due to its application in medicine and bio-related technological areas. From a computational perspective, biomolecules are large and complex systems, and therefore mathematical modeling of such systems demands computationally intensive environments. Further, large data sets are generated during the computations and the main challenge becomes how to store, transfer and process such plethora of information. These factors have prevented well-established collaborative results dissemination initiatives, hindering scientific progress in the field by either data duplication from different groups when necessary, and/or technical inaccessibility of probing valuable information from a distributed large data set. These challenges will be showcased by actual biomedical applications that could potentially benefit from a tailored e-Science platform.

CV do Prof. Roberto Lins

Roberto Lins é Bacharel em Ciências Biológicas e obteve o grau de doutor em Química em 1999 pela Universidade Federal de Pernambuco sob a orientação conjunta dos Professores Ricardo Ferreira e J. Andrew McCammon da University of California, San Diego onde trabalhou por dois anos. Foi Visiting Assistant Professor do Department of Biology and Biochemistry da University of Houston e postdoc no Eidgenössische Technische Hochschule Zürich (ETHZ) e na École Polytechnique Fédérale de Lausanne (EPFL). Em 2005 assumiu o cargo de Senior Research Scientist no Pacific Northwest National Laboratory. Em 2009 tornou-se Professor do Departamento de Química Fundamental da Universidade Federal de Pernambuco. Tem mais de 40 artigos publicados em jornais indexados com mais de 1000 citações. Presta serviço como revisor para 15 jornais internacionais e 6 agências de fomento no Brasil e no exterior (CNPq, Swiss National Science Foundation, Swiss Supercomputer Centre (CSCS), FAPESP e CAPES, Agencia Nacional de Promoción Científica y Tecnológica de Argentina). As principais linhas de pesquisa consistem na aplicação de métodos computacionais de natureza clássica para a caracterização da estrutura e função de biomateriais; engenharia de proteínas, bem como no desenvolvimento de parâmetros para simulação molecular (campos de força), os quais são distribuídos como parte integral de três programas de química/biofísica computacional largamente utilizados pela comunidade científica.

 

PALESTRAS INTERNACIONAIS

 

Título: Addressing scientific research through cloud computing: EUBrazil Cloud Connect

Palestrante: Ignacio Blanquer

Resumo: Cloud computing has emerged as a disruptive business model in ICT. Cloud computing has changed the way that companies, specially SMEs plan and deploy their services being able to adapt to a highly changing market demand. In the same way, cloud computing constitute an opportunity for a wide range of researchers – the so called long-tail of science, to access a computing power beyond their available resources. In the same way, on-premises cloud computing is also an interesting model for research centres and universities who support multiple and heterogeneous users.

Therefore, the scientific community has enriched cloud computing technologies with new requirements and challenges. Aspects such as interoperability, reduced learning curve, improved elasticity or enhanced programming models have been identified as key features in multiple studies in the literature, and constitute active working lines that are improving the functionalities of existing cloud services. 

In this context, EUBrazilCloudConnect is a small or medium-scale focused research project (STREP) jointly funded by the European Commission under the Cooperation Programme, FP7 and the MCTT/CNPq programa de Cooperação Brasil – União Europeia. EUBrazilCC aims at federating the access to clusters, on-premises clouds and opportunistic resources to support the execution of distributed applications managed by different workflow enactors and data analytic services. Those services are being demonstrated by three use cases aiming at epidemiology, vascular system simulation and climate change.

CV do Prof. Ignacio Blanquer

Ignacio Blanquer, associate professor of the Computer System Department at UPVLC since 1999, has been a member of the Grid and High Performance Computing Research Group (GRyCAP) since 1993. He has been involved in Parallel Computation and Medical Image processing, participating in 55 national and European Research Projects, has authored and co-authored 33 papers in scientific international journals and books and in more than 80 communications in conference proceedings. He has served as coordinator of the application area in the Spanish Network for e-Science, including his role in the managerial board. Ignacio is member of the board of directors of the Spanish National Grid Initiative and he was Community Manager in VENUS-C, where he collected and evaluated user requirements for 27 applications and provided hands-on support for migration to the cloud. He is currently the European project coordinator of EUBrazilCloudConnect. He works in the Institute of Instrumentation for Molecular Imaging (I3M).

Research Gate Profile

Google Schoolar Profile

 

 

 

PROGRAMAÇÃO

Wednesday, July 30rd, 2014

 

 

09:00 AM - 11:00 AM                   

Main 1 Ambientes de experimentação. Chair:  
 Main Track

Comparação entre diferentes modelos de cálculo de curvatura do DNA como parâmetro de predição e reconhecimento in silico de promotores alternativos de Escherichia coli
Scheila de Avila e Silva, Universidade de Caxias do Sul, Brazil 
Rafael Coelho, Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia do Rio Grande do Sul Campus Farroupilha, Brazil
Priscila Portela, Universidade de Caxias do Sul, Brazil
Jeane Paz, Sergio Echeverrigaray, Universidade de Caxias do Sul (UCS), Brazil.

A tool to support deployment of scientific software as a service
Maximilien de Bayser, Leonardo Azevedo, Leonardo Tizzei, Renato Cerqueira, IBM Research - Brazil, Brazil.

A Framework for Automatic Composition of Scientific Experiments: Achievements, Lessons Learned and
Challenges
Luciano Digiampietri, University of Sao Paulo (USP), Brazil
José de Jésus Pérez-Alcázar, EACH, University of São Paulo, Brazil
Caio Santiago, Guilherme Oliveira, Universidade de São Paulo, Brazil
Adilson Khouri, University of Sao Paulo, Brazil
Jônatas Araújo, University of São Paulo, Brazil.

11:15 AM - 12:15 PM Keynote 1 - Chair: Antônio Tadeu Azevedo Gomes
 Main Track

TBD
Ignacio Blanquer (UPV), Spain

 12:15 PM - 1:15 PM                                

Application 1 - Bioinformática. Chair:

Applications Track 

Uma ferramenta baseada em algoritmos genéticos para a ordenação de montagens parciais de genomas
Vivian Pereira, Camila Costa, Universidade de São Paulo, Brazil
Luciano Digiampietri, University of Sao Paulo (USP), Brazil.

Uma ferramenta para a análise morfológica de embriões de insetos
Luciano Digiampietri, University of Sao Paulo (USP), Brazil
Beatriz Teodoro, Universidade de São Paulo, Brazil.

Execução de Workflows Científicos de Bioinformática na Nuvem: Experiências e Desafios
Silvia Benza Bareiro, Kary Ocaña, Marta Mattoso, COPPE/UFRJ, Brazil.

5:00 PM - 6:30 PM  Application 2 - Bioinformática. Chair:
 Applications Track

Metodologia para Avaliação de Equipamentos de Computação de Alto Desempenho: Um Estudo de Caso para Bioinformática
Mariza Ferro, National Laboratory of Scientific Computing, Brazil
Marisa Nicolás, Antonio Mury, Bruno Schulze, LNCC, Brazil.

Estratégia para análise de dados de RNA-seq bacteriano
Marlon Custodio, Laboratorio Nacional de Computação Científica, Brazil
Vitor Coelho, Laboratório Nacional de Computação Científica, Brazil
Márlon G. F. Custódio, Marisa Nicolás, LNCC, Brazil.

 Thursday, 31st, 2014

 

09:00 AM - 11:00 AM       Main 2 - Gerência de dados. Chair: 
Main Track

Análise da Rede de Relacionamentos dos Doutores Brasileiros
Luciano Digiampietri, University of Sao Paulo (USP), Brazil
Caio Alves, University of São Paulo, Brazil
Caio Trucolo, University of Sao Paulo, Brazil
Karina Valdivia-Delgado, University of São Paulo, Brazil
Rogério Mugnaini, Universidade de São Paulo, Brazil.

Sobre o Uso de Model Canvas em Planos de Gerenciamento de Dados para Curadoria Digital em Projetos de
Pesquisa
Francisco Brito, Rostand Costa, Alexandre Duarte, Universidade Federal da Paraíba, Brazil.

SiBBr: Uma Infraestrutura para Coleta, Integração e Análise de Dados sobre a Biodiversidade Brasileira
Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior, Pedro Guimarães, LNCC, Brazil
Ana Maria de Carvalho Moura, LNCC/RJ, Brazil
Debora Drucker, EMBRAPA, Brazil
Eduardo Dalcin, Instituto de Pesquisas Jardim botânico do Rio de Janeiro, Brazil
Guilherme Gall, Jurandir Tavares Jr., Daniele Palazzi, LNCC, Brazil.

11:15 AM - 12:15 PM Keynote 2 - Chair: Antônio Tadeu Azevedo Gomes 
Applications Track

How can (bio)molecular simulations benefit from e-Science? Issues and perspectives
Roberto Lins, Federal University of Pernambuco, Brazil

12:15 PM - 1:15 PM Application 3. Química computacional - Chair:
 Applications Track

Cálculos de Química Quântica em GPUs: proposta de um algoritmo paralelo para a pseudodiagonalização de
matrizes simétricas usando a plataforma NVIDIA/CUDA.
Júlio Maia, Lucidio dos Anjos Formiga Cabral, Universidade Federal da Paraíba, Brazil
Gerd Rocha, UFPB, Brazil.

Post-Processing Challenges in Simulations of Lipopolysaccharide Membranes and Aggregates
Denys Santos, Victor Rusu, Frederico Pontes, Roberta Dias, Keila Cunha, Laércio Pol-Fachin, UFPE, Brazil
Thereza Soares, Pacific Northwest National Laboratory, Brazil
Roberto Lins, Federal University of Pernambuco, Brazil.

Scalability of Molecular Dynamics Simulations of Lipopolysaccharide Membranes Using the GROMACS Software

Package on Different Architectures
Frederico Pontes, Victor Rusu, Roberta Dias, Gabriel Hora, Denys Santos, Laércio Pol-Fachin, UFPE, Brazil
Roberto Lins, Federal University of Pernambuco, Brazil
Thereza Soares, Pacific Northwest National Laboratory, Brazil.

5:00 PM - 6:00 PM Application 4 - Agronomia e Biodiversidade. Chair:
Applications Track

Supporting the study of correlations between time series via semantic annotations
Lucas Batista, Universidade Estadual de Campinas, Brazil
Claudia Bauzer Medeiros, IC-UNICAMP, Brazil.

Complex pattern detection and specification from multiscale environmental variables for biodiversity applications
Jacqueline Espirito Santo, Universidade Estadual de Campinas - UNICAMP, Brazil
Claudia Bauzer Medeiros, IC-UNICAMP, Brazil.

 

 

TÓPICOS DE INTERESSE

As atividades no workshop compreendem a apresentação de trabalhos completos, trabalhos em andamento, resumos, além de palestras convidadas, distribuídas ao longo de dois dias dentro da programação do CSBC. Os tópicos de interesse do VIII BreSci incluem (mas não estão limitados a) os listados abaixo:

 

TRILHA PRINCIPAL

  • Infraestrutura para aplicações de e-Ciência (p.ex. redes de alta velocidade)
  • Computação em nuvem para e-Ciência
  • Grades computacionais para e-Ciência
  • Gerência de workflows científicos
  • Ontologias e bancos de dados para e-Ciência
  • Modelos de dados para dados científicos
  • Proveniência de dados e processos
  • Modelos e técnicas para ciência colaborativa
  • Gerência de acesso a dados científicos
  • Técnicas de paralelismo de dados em e-Ciência (p.ex. MapReduce, BSP)
  • Organizações virtuais para e-Ciência
  • Arquiteturas orientadas a serviços
  • Web semântica para e-Ciência
  • Sistemas autonômicos e auto-organizados para e-Ciência
  • Tecnologias habilitadoras de e-Ciência
  • Ambientes de experimentação para e-Ciência
  • Processos de experimentação para e-Ciência em larga escala
  • Gestão de conhecimento aplicada a e-Ciência em larga escala
  • Crowdsourcing e ciência cidadã

 

TRILHA DE APLICAÇÕES

 

 Bioinformática

  • Bioinformática estrutural
  • Gerência de dados de bioinformática e data mining
  • Serviços Web para bioinformática
  • Algoritmos e ferramentas
  • Reconhecimento de padrões, agrupamento e classificação
  • Genômica computacional e áreas afins


Astronomia

  • Arquiteturas avançadas para a computação astronômica 
  • Ambientes para Análise da População Estelar
  • Ferramentas para redes de colaboração em astronomia 
  • Algoritmos avançados para processamento de dados astronômicos 
  • Fotometria Panorâmica na era dos PB 
  • Workflows para a exploração de conjuntos de dados astronômicos 
  • Métodos de mineração de dados em astronomia
  • Armazenamento e Visualização de Simulações cosmológicas 
  • Gerência de dados de Astronomia 
  • Processamento de consulta sobre grandes bancos de dados de astronomia
  • Tratamento para o casamento de catálogos astronômicos


Química 

  • Química Computacional 
  • Química teórica 
  • Mecânica estatística 
  • Mecânica molecular 
  • Modelagem molecular 
  • Simulação Molecular 
  • Cálculo de estrutura eletrônica
  • Armazenamento e visualização de dados em química

 

SUBMISSÕES

 Serão aceitas submissões nos seguintes formatos: artigos técnicos completos para a trilha principal e artigos resumidos para a trilha de aplicações escritos tanto em inglês quanto em português. Artigos completos não devem exceder 8 páginas e artigos resumidos 4 páginas. O formato dos artigos será o da SBC. As submissões serão realizadas via JEMS.Todas as submissões serão revisadas de acordo com os seguintes critérios: adequação ao escopo do workshop, relevância, qualidade técnica, originalidade e clareza. Artigos que descrevam trabalhos preliminares e em andamento também poderão ser submetidos. Resultados são desejáveis, mas não necessários. Os artigos (tanto da trilha principal quanto da trilha de aplicações) devem possuir uma seção descrevendo trabalhos relacionados. Os artigos serão revisados por pares, e os selecionados serão publicados nos anais do evento, devendo ser apresentados em sessões técnicas durante o workshop.

Será estudada ainda a possibilidade de submissão de resumos estendidos (máximo de 2 páginas) ou a escolha de bons manuscritos não selecionados para publicação como artigos completos nos anais do evento para resubmissão como resumos estendidos. Em qualquer dos casos, a apresentação dos resumos estendidos seria na forma de pôsteres.

As submissões podem ser feitas online via o sistema de submissões da SBC (JEMS).

 

Edição Especial do Journal of the Brazilian Computer Society

Para a edição de 2014 do BreSci, estamos negociando junto ao quadro editorial do Journal of the Brazilian Computer Society uma premiação para o melhor artigo do workshop da trilha de computação, uma vez que somente os artigos submetidos nesta trilha são completos. O prêmio vislumbrado seria a inclusão de uma versão estendida do artigo como artigo convidado em uma Special Section desse periódico. Outros artigos apresentados no evento também podem ser convidados para submeter versões estendidas para o mesmo periódico. 

 


DATAS IMPORTANTES
 
  • Prazos finais para a submissão de trabalhos:
    • Trilha principal: 11 de abril de 2014
    • Trilha de aplicações: 25 de abril de 2014
  • Notificação preliminar de aceitação com sugestão de correções: 30 de maio de 2014
  •  Prazo para entrega da versão final: 13 de Junho de 2014
  • VIII BreSci: 30 e 31 de Julho de 2014


  * Serão incluídos na programação definitiva e publicados apenas os trabalhos com versão final entregue, pelo menos um coautor já inscrito no evento e com termo de cessão de direitos à SBC devidamente assinado.

 

COMITÊS

 

Coordenação

  • Daniel de Oliveira - UFF ( This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. )
  • Antônio Tadeu A. Gomes - LNCC ( This email address is being protected from spambots. You need JavaScript enabled to view it. )

 

Comitê Diretivo

  • Andrey Brito - UFCG (co-chair 2013)
  • Antônio Tadeu A. Gomes - LNCC (co-chair 2014)
  • Daniel de Oliveira - UFF (co-chair 2014)
  • Eduardo Ogasawara - CEFET/RJ (co-chair 2012)
  • Fabio Porto - LNCC (co-chair 2011)
  • Francisco Brasileiro - UFCG (co-chair 2013)

 

COMITÊ DE PROGRAMA 

 

Trilha Principal

 

  •  Antônio Tadeu A. Gomes - LNCC (co-chair)
  •  Daniel de Oliveira - UFF (co-chair)
  •  Alba Melo - UnB
  •  Alcione Oliveira - UFV
  •  Ana Maria de Carvalho Moura - LNCC
  •  Andrey Brito - UFCG
  •  Bruno Schulze - LNCC
  •  Duncan Ruiz - PUC-RS
  •  Eduardo Bezerra - CEFET/RJ
  •  Eduardo Ogasawara - CEFET/RJ
  •  Esther Pacitti - INRIA & LIRMM
  •  Fábio Porto - LNCC
  •  Fernanda Baião - UNIRIO
  •  Francisco Brasileiro - UFCG
  •  François Artiguenave - CEA
  •  Gilberto Pastorello - LBNL
  •  João Eduardo Ferreira - USP
  •  Jonas Dias - EMC Corp.
  •  Jonice Oliveira - UFRJ
  •  José Antonio Macedo - UFC
  •  Leonardo Azevedo - IBM Research - Brazil / PPGI - UNIRIO
  •  Leonardo Murta - UFF
  •  Lucia Drummond - UFF
  •  Luciano Digiampietri - USP
  •  Luiz Manoel Rocha Gadelha Júnior - LNCC
  •  Maria Claudia Cavalcanti - IME-RJ
  •  Maria Cristina de Oliveira - USP
  •  Marta Mattoso - COPPE/UFRJ
  •  Nazareno Andrade - UFCG
  •  Patrícia Egeland - ON
  •  Raquel Lopes - UFCG
  •  Regina Braga - UFJF
  •  Ricardo Torres - Unicamp
  •  Sandra Fabbri - UFSCar
  •  Sergio Lifschitz - PUC-Rio
  •  Sergio Manuel Serra da Cruz - UFRRJ
  •  Silvia Olabarriaga - University of Amsterdam
  •  Vanessa Braganholo - UFF

 

 Trilha de aplicações

 

O comitê de programa da trilha de aplicações é o mesmo da trilha principal, acrescido de especialistas nas áreas de bioinformática, astronomia e química.

 

 

Bionformática

  • Marisa Nicolás - LNCC
  • Alcione Oliveira - UFV
  • Alexandre Paschoal - UTFPR
  • Antonio Miranda - FIOCRUZ
  • Kary Ocaña - COPPE/UFRJ
  • Fabiano Thompson - UFRJ
  • Laurent Dardenne - UFRJ

 

Astronomia

  • Alberto Krone-Martins - Universidade de Lisboa
  • Gilberto Pastorello - LBNL
  • Patrícia Egeland - ON
  • Paulo Penteado - USP
  • Ricardo Ogando - ON

 

Química

  • Roberto Lins - UFPE
  •  Gerd Rocha - UFPB
  •  Kaline Coutinho - USP
  •  Laurent Dardenne - LNCC
  •  Mauricio Coutinho - UFABC
  •  Ricardo Longo - UFPE
  •  Thereza Soares - UFPE
  •  Werner Treptow - UnB

 

 

 

 

Organização

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 Coordenação Geral  

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